单细胞mRNA测序

<aside> ⛈️ 简介

利用单细胞测序技术，我们可以在一个看似同质的细胞群中确定新的亚群或细胞状态。A）显示了一个细胞群可能表现出异质性的不同方式。B）显示了细胞群中的细胞类型是如何被识别和表征的。

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![单细胞测序中解决一些较常见问题的方法包括： *** 探究异质性 (Studying heterogeneity)

单细胞测序中解决一些较常见问题的方法包括： *** 探究异质性 (Studying heterogeneity)

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[ ] 定义

是指在单个细胞水平上对转录组或基因组进行扩增并测序，以检测单细胞在基因组（结构变异-Structural Variations-SVs；拷贝数变异-Copy number variants-CNVs；单核苷酸变异-Single nucleotide variants-SNVs等），转录组学（RNA表达水平；转录本的选择性剪接），表观组学（DNA 甲基化等），蛋白组学多个组学的数据（如图）。
优点
Basic step：单细胞悬液制备、单细胞分选、文库制备、高通量测序和生物信息分析
Barcoding
Spike-in
Dropout
Mass cytometry
Split-pooling
Types of material

发展历程

发展历程

根据所用文库制备方法的不同，获得的RNA序列(也称reads或tags) 有**和**之分。

根据所用文库制备方法的不同，获得的RNA序列(也称reads或tags) 有**3'(或5')端起始的转录本(10X Genomics, CEL-seq2, Drop-seq, inDrops)和全长转录本(Smart-seq)**之分。

<aside> 💠 试剂盒（主）

SMART-seq: developed in 2013. It was known as the full length transcript protocol.
CEL-seq2: Not full length of transcripts but only 3’-end enrich transcripts
ICB-scSeq: 测基因组上与某种表观元件结合的DNA，3’-end，组合索引（combinatorial indexing） </aside>

试剂盒——优化——>平台

<aside> 💠 单细胞测序平台（主）：

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BD Rhapsody™、Fluidigm C1™、WaferGen ICELL8®均通过微孔板芯片进行单细胞反应体系制备，实现细胞间的物理间隔；而10x Chromiun™则是通过**“双十字通道芯片”，产生液滴包裹的单细胞反应体系**，相比之下能检测更多细胞，并且对于细胞的直径接受度也更高（＜40μm）。
细胞活力上，10x Chromiun™要求更高：>80%。因此在制备完单细胞悬液后，需要尽快上机制备单细胞文库，此时能及时预约到上门服务显得格外重要。
检测区域上，目前仅有Fluidigm C1™和WaferGen ICELL8®能检测mRNA全长，其余均只能检测3’端表达谱区域。 </aside>

扩增技术在研发的过程中逐渐成熟，从最初的PCR扩增（SMART-SEQ2等）到IVT扩增（CEL-SEQ2等），到现在的高保真DNA聚合酶扩增（SPLIT-SEQ等）