10X Genomics起源自Drop-Seq技术。

该平台可通过快速高效的单细胞标记、测序和分析，获得单细胞水平的基因表达谱，对复杂细胞群体进行深入细致分析，绘制大规模单细胞表达图谱。与其他大规模单细胞分选平台相比，该平台通量高，周期快速，成本低，细胞捕获效率高，并且商业化仪器操作简便。但其对细胞活性要求较高，大于90%。

原理：基于微流控技术、油包水进行单个细胞分选

1. 将单个细胞与含有条形码（barcode）和引物（umi+ploy（dT）VN）的凝胶珠包裹在一个油滴。从横向孔道中逐一输入凝胶微珠，第一纵向孔道输入细胞，凝胶微珠（barcode+umi+ploy（dT）VN）与细胞碰撞后会吸附在凝胶微珠上，并通过微流控技术，将之输入到第二纵向孔道，即油相孔道中。这时候，就形成了一个个油滴，最终输出并收集在EP管中。每一个油滴中会落入一个细胞以及一个凝胶微珠，那么在每一个凝胶微珠中上长满了不同的Cell Barcode和UMI Barcode连接形成的序列，再加上一端PolyT的抓手，构成我们的捕获凝胶微珠。而这个凝胶微珠抓手就会使用oligo dT抓住mRNA构建文库。该过程可使细胞标记上特殊的barcode，从而达到单细胞测序的目的。

2. 之后在每个油滴内，凝胶珠溶解，细胞裂解释放mRNA，通过逆转录产生用于测序的带条形码的cDNA；

3. 液体油层破坏后，cDNA后续进行文库构建，使用Illumina测序平台对文库进行测序检测，即可一次性获得大量单细胞的基因表达数据，10min内自动完成多至80,000个细胞的捕获，从而达到在单细胞水平进行表达测序的目的。

• Barcode : what cell am I from ?
• UMI : How many copies of the transcript are present in the single cell ?
• 3’ 转录组
• 5‘转录组+免疫组库V(D)J
• Feature Barcode

优势：

• 与其他高通量捕获平台相比，该平台一次实验可完成多至80,000个细胞的捕获；
• 通量最高，周期快速，成本最低；
• 细胞捕获效率高，单个样本细胞捕获率高达65%；
• 流程自动化程度高。

缺点：

• 对细胞总量及活性要求较高，需仪器上门服务；
• 3’测序，基因检测率不及SMART-seq等全长测序；
• 缺乏质控点；
• 平台环境较为封闭，个性化研发成本较高。

适用范围：

• 直径40μm以下细胞（受仪器管道直径限制）；
• 大规模细胞样本，适用于分群、谱系等研究。
• 能有效地解决组织样本无法破解的细胞异质性难题，有助于发现新的细胞类型；基于大量的单细胞基因表达数据，该平台还可进行细胞表达特征聚类、亚群表达特征、标志物筛选等方面的分析，是一种高效的细胞基因表达水平的检测技术，在发育与生殖、免疫、干细胞分化、肿瘤异质性、神经系统发育以及脑发育等研究领域中有着广泛的应用和研究结果发表。