所谓结构上的变异呐，也就是RNA序列的变异。

主要呐，是3种：

第1种，是可变剪接

第2种，是融合基因

第3种，是点突变，也就是SNP

结构分析需要较深的测序深度

这里要说明一下，对于想要测mRNA结构变异的用户呢，建议测序深度要测比较深。

我们一般呐是建议测10G以上的数据量——原因是二代测序，目前的测长还不是很长，每一个Read呐，只有大约100到125个Bp左右。如果测序深度不够呐，那么读到的这些read在整个的mRNA上的分布呐，是一种比较零碎的一种状态。

那么在这种比较零碎的、不完整的覆盖情况下，要去分析哪里有一个剪接点，哪里有一个断点，哪里有一个SNP，它不是很准确的。

当测序深度足够深的时侯，在每一个位点，都有10几次、或者几10次的覆盖的时侯呐，我们就可以比较有把握地来判断出，哪儿有了一个新的剪接点，哪儿出现了一个断点，哪儿，碱基发生了突变。

可变剪接

可变剪接，在真核生物中普通存在。一般一个人的组织样本当中呐，可以通过高通量测序，发现有5000个到20000个左右的可变剪接。

融合基因

融合基因，是指原来在基因组上分开的2个基因，因为某种原因，染色体发生了重排。

重排的结果，是让A基因的头，接到了B基因的身体上，这样就产生了融合基因。

那么这张图，就是一个癌细胞中的融合基因的示意图。

接下来这张图，是高通量测序测到融合基因的这个图。我们可以看到这10几个Reads都横跨在这个融合基因的、交接点的两侧，由此，证明了这个癌细胞当中有这么一个融合基因。

点突变

RNA-seq呐，还可以找出点突变，这是一张泡泡图，来表示我们所找到的点突变。

发生突变频率最高的这个基因，就用最大的泡泡来表示。（突变）频率低一点的，就画一个小一点的泡泡（频率），再小一点，那么再小一点的泡泡。

这些泡泡呈逆时针排列，形成这样一个泡泡图。