单细胞RNA测序中质控

在bulk RNA 测序过程中存在着偏好性问题：

提取带来的偏好性在分离细胞并提取RNA的过程中，由于细胞类型以及细胞状态等问题，我们可能往往提取到的细胞就存在一定的偏好性。
反转录带来的偏好性在随后地反转录的过程中，反转录酶会“随机”地反转录其中40%左右的RNA，因此又会出现一定的偏好性。然而，这个随机可能具有一定的偏好性。
PCR带来的偏好性最后就是大家经常讲的PCR偏好性。在做PCR扩增的过程中，由于mRNA的长度，GC含量，RNA二级结构等因素，导致在相同的PCR cycle下，不同的mRNA 的扩增拷贝数不同。

单细胞RNA测序中存在的偏好性

单细胞实验整体流程里的质控点

哪些环节会带来偏好性，以及如何发现和质控。

细胞分离必须要在短时间内完成，否则会影响到细胞的状态，甚至可能导致RNA从细胞中漏出。

细胞分离过程可能会产生偏好性。例如在分离出的细胞可能只是一些特定细胞，此外在细胞分离的过程中可能就会导致基因表达的改变。因此对于聚类的结果，要进行仔细检查，以发现某一群细胞中特异表达的基因是否存在着会由细胞分离实验所引起的高表达基因。

在细胞分离的过程中可能存在着污染——有可能就是样本中存在着RNA的污染。——利用空的droplets 来估计背景信号，利用软件SoupX来移除背景噪音

在做单细胞测序的之前，需要对细胞进行裂解。

不同的细胞组织，裂解条件也会不一样。

如果裂解条件过于严格，就会影响文库制备。