那么在做这些比较的过程当中，目前最常用的，对基因表达量进行相对定量的一个指标，就是RPKM值（Reads Per Kilobase of exon model perMillion mapped reads）
比对到某个基因的外显子上的Read数，去除以这次所测到的、全部可以比对到基因组上的Read数是：这个基因所表达出来的mRNA,它所被测到的片段，来和所有被测到的、可以Mapping(比对）到基因组上的片段来进行比较。
“除以这个外显子的长度”：是因为建库过程当中，该RNA用镁离子溶液来处理，然后打断（并逆录）成若干个180-200BP左右的小片段，如果一个基因的长显子越长，那么它所产生的mRNA就越长，那么mRNA越长呐，被打出来的小片段就越多。目的：是修正这个mRNA长度所引起的mRNA的Read数的偏差。通过这种修正呐，能够还原出一个比较真实的、原始的表达拷贝数状态——我们来假设，一个A基因，它的mRNA的长度呐，假设它是1Kb，那么它的1Kb的mRNA可能被打成“5”个，200Bp左右的小片段；那么还有一个B基因，如果这个B基因的mRNA是2Kb长，那么，它同样被打成200Bp左右的小片段呐，它就会产生“10”个小片段。我们来看，A基因是5个小片段，而B基因是整整10个小片段，所以，B基因在测序过程当中，它被测到的概率就会比A基因整整大出去一倍。这就是我们为什么要把刚才第一项比出来的比值呐，然后再除以这个外显子的长度。