小RNA呢,包括了micro RNA/tRNA/piRNA等一系列的、片段比较短的RNA。
其中,micro RNA因为其基因数量众多,表达量变化丰富——研究热点
small RNA的结构:5’端有一个磷酸基团,3’端有一个羟基基团
目前用illumina Truseq small RNA建库试剂盒。
对组织中抽提到的总RNA进行small RNA建库。一般一个反应需要1微克的总RNA。
同时small RNA建库,一般是要求总RNA的RIN值大于等于8.0
一般情况下,人源组织所测到的small RNA会在22BP左右有一个主峰。这个主峰就是micro RNA,同时,30BP左右又会有一个副峰,这个峰,主要是piRNA。
接下来,就是把small RNA,比对到参考基因组上。
在参考基因组上比对好之后,就可以把这些序列和已知的small RNA数据库进行比对了。
比较有名的small RNA数据库是miRBase,这个数据库目前这个数据库已经收录了2000多条人源的micro RNA基因。
在对人源样本的测序过程当中,大家最关心的主要是micro RNA和piRNA,实际上还会测到rRNA的碎片和tRNA的序列。因为rRNA和tRNA在人的基因组中是十分保守的,所以一般不是我们关注的重点。
以上,我们说的都是组织中的small RNA的测序和分析。