接下来,我们说一下micro RNA侯选靶基因的GO分析、和KEGG Pathway(通路)分析。

GO分析和KEGG Pathway分析是非常常用的生物信息学分析手段。

想要了解这2种分析的基本情况的同学,可以在优酷中找一下【陈巍学基因】《视频7:RNA-seq》去看一下。

通过GO分析,表达差异被富集到分类的GO的子项目当中,通过这个图,可以看到“生物过程”、“分子功能”、和“细胞组件”的哪些环节出现了明显的差异。柱子越高,则表示差异越明显。

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有向无环图,是进一步把差异一步一步地富集到更精细的小概念当中进行展示。

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在这个图当中,越向下,功能就越是细分。同时,颜色越深的方块呢,则表示差异在这个小概念当中,富集程度越高。通过对表达差异的micro RNA和它对应的靶基因进行KEGG分析,

可以把可能被影响到的通路进行富集分析。

这个图,就是KEGG分析的结果。在此图中,KEGG富集的程度,通过富集因子、Qvalue、和富集到此通路上的基因个数,来进行衡量。

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点的面积越大,则富集的基因数越多,富集因子越大,则表示富集的程度越大。

接下来这个通路图,是对某个特定通路的进一步的细化分析。

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它可以让我们看到,在一个整体的通路中,具体是哪个、或哪几个节点会有显著的差异。