对已知small RNA的分析，主要是对表达量的分析。

small RNA的表达量，一般用TPM来衡量。TPM是Transcripts Per Million reads的缩写。

也就是1百万条测到的序列当中，某个目标small RNA的序列条数。

TPM的密度分布图，能整体展示样本的small RNA基因表达情况。

图中，横轴是一个small RNA基因的表达量。越向右呢，则这个基因的表达量越高。纵轴是有特定表达量的基因数量，越向上，则基因数目越多。

从这张图上可以看出，少量的基因有高表达，大多数基因的表达量，还是相对偏低的。

火山图，可以整体地观察两个样本之间的表达差异。

火山图的横座标，是某个small RNA基因的表达的增减。从0向右，则表达量上升，从0向左，则表达量下降。纵轴则是表达量差异的显著性，越向上，则差异越显著。

一张火山图，可以让我们轻松地观察2个，样本之间，small RNA的表达差异。

聚类分析，则可以帮助我们直观地观察，一批样本当中，那些样本有共同的表达特征。又有哪些small RNA基因有相似、相近的表达量。

如这张图中所展示，样本经过聚类分析，明显地可以看出，其small RNA的表达谱，呈现2种表达情况，上绿下红的样本呢，自然地被分到了一组，上红下绿的样本呢，就会被自然地分到另外一组。

通过聚类分析，我们可以观察到样本内在的共同特征。

在人类细胞中micro RNA主要是通过和mRNA结合，来阻止mRNA翻译成蛋白，从而起到抑制靶基因表达的作用。目前，只有少数的micro RNA和靶基因mRNA的对应关系是经过了实验验证的。大多数还是通过序列互补、结合热稳定性等预测性手段来预测的。

所以，这些关系不是很精确的。虽然这种预测不是很精确，但是它能为我们的科研提示有用的研究目标。