主要用Rho-依赖和不依赖两种方式：
1）Rho是一种解旋酶，它协助RNA聚合酶在转录本的终止；
2）Rho非依赖途径依赖于RNA转录本中的GC-rich发夹结构，发夹-DNA复合体破坏转录复合体的稳定，启动转录本的分裂，此为质粒中常见的终止方式。
真核生物的终止子要对应其相应的启动途径，主要是RNA聚合酶的区别：
| promotor | product | terminator |
|---|---|---|
| RNAP I | ribosomal RNA | 类似原核生物Rho依赖途径，需要相应的解旋酶 |
| RNAP II | mRNA , miRNAs | RNA聚合酶相关蛋白CPSF和CstF，负责招募切割和聚腺苷化酶 |
| RNAP III | tRNA, short RNAs | 类似原核生物Rho非依赖途径，需要特殊的RNA序列诱导转录本的断裂 |
哺乳动物表达质粒主要用于转录mRNA，常用的终止子SV40、hGH、BGH和rbGlob包含AAUAAA序列，可促进Poly A化，从而导致信号终止，如下：