以上所做的改进只是让这个系统更方便使用了，但是并没有提高编辑效率。跟原版的基因组编辑系统一样，基因组编辑系统升级版一依旧采用了线性的Donor DNA，而线性的Donor DNA进入细胞后很容易遭到各种核酸外切酶的攻击，从而降解。

如图3所示。我把Donor DNA插入到Plasmid#2上，这样做有三个好处：

(1) 转化Plasmid#2比共转Plasmid#2和线性Donor DNA效率更高；

(2) Donor DNA在质粒上不会受到核酸外切酶的攻击；

(3) Donor DNA还可以随着质粒一起复制，增加自己的拷贝数。

这样一来，编辑效率就显著提高了。将Donor DNA插入到Plasmid#2上本质上也改变了同源重组的方式，不再是线性Donor DNA与环状基因组(未被切割)或线性基因组(被切割)之间发生重组，而是环状Donor DNA与线性基因组(被切割)之间发生重组。重组要发生，基因组和Donor DNA之间必须有一方是线性的，环状基因组与环状Donor DNA之间发生重组的概率极低。