一般用Agilent SureSelect 50M的试剂盒进行外显子建库、捕获。再用HiSeq 2500 V4 PE125的方法进行测序，测10个G的数据量。大约可以得到95X的“有效测序深度”。我们说的有效测序深度（effective sequencing depth）是相对于总测序深度来说的。
总的测序深度，是把所有测得的数据（量）去除以目标区域的大小。
举例来说，用Agilent 50M的这个试剂盒，我们测到10个G的数据。去除以目标区域的50M的大小，那么得到的是200X的测序深度（10G/50M = 200X）。但是这个200X的测序深度，对于做生物信息学分析来说呐，并没有太大的实在意义。因为当中还要扣掉许多无用的数据，才能得到有效的数据。
在外显子测序中，要扣掉4种因素引起的无效数据。