用途：展示差异表达的基因- - - - 常常出现在芯片、测序等组学检测的结果中

• 看 差异表达基因 总体的概貌

  • logFC>0，treat>control，基因表达量上升 • logFC<0，treat<control，基因表达量下降 • 通常所说的上调、下调基因是指表达量显著（结合P值）上升/下降的基因

• [ ] 基因表达情况：up、down、none

• [ ] 横坐标 log2

  • 基因表达变化以倍数为标准（≥2为标准）
  • FC： foldchange 倍数变化
  • logFC的常见阈值，没有标准答案

• [ ] 纵坐标 -log10 P

  P值：范围 0~1，越接近于0越显著

• logFoldchange (logFC)： Foldchange取log2 【Foldchange (FC)：处理组平均值/对照组平均值】
• Tip：芯片差异分析的起点是一个取过log的表达矩阵；如果拿到的是未log的矩阵，需要自行log

三条线

• x=1
• x=-1
• Y=1.30 ，即 -log10 (0.05)【显著性 P值可以设其他值】