免疫沉淀(immuno-precipitation, IP)的主要过程是：首先用耦联在凝胶颗粒或磁珠上的目的蛋白的抗体将细胞匀浆或裂解液中的目的蛋白沉淀出来，在此过程中能够与目的蛋白发生相互作用的蛋白会被同时沉淀下来，然后用SDS-PAGE、免疫印迹或生物质谱对沉淀出来的蛋白进行鉴定。免疫沉淀方法简便易行，是实验室最常用的方法，但是它属于体外(in vitro )实验方法，不能给出细胞内蛋白相互作用的动态结果，同时细胞内本来没有相互作用的蛋白质在破碎细胞时可能发生凝聚，因此免疫共沉淀还存在假阳性的问题。