上面介绍的这个方法报道得比较早，因此也被研究者广泛使用，但是这个方法还有很多可以改进的地方。首先，可以将λ-Red重组系统放到质粒上表达，这样既能增加表达量，又方便用于不同的宿主。其次，质粒消除系统可以改进一下，利用Cas9-sgRNA切割高拷贝的psgRNA质粒难以切割干净，平板上得到的单菌落仍然需要验证Amp抗性。

图2所示是我构建的基因组编辑系统，这个系统也是一个双质粒系统，为了方便描述，我把这两个质粒分别称为Plasmid#1和Plasmid#2。用双质粒系统的好处是可以把固定不动的组件放在其中一个质粒上(比如这里的Plasmid#1)，把每次编辑都需要变动的组件放到另一个质粒上(比如这里的Plasmid#2)，这样的话，每次编辑时只需要构建一个小的质粒就可以了。

如，Plasmid#1用来搭载固定不动的组件——Cas9表达元件和重组酶表达元件，Plasmid#2用来搭载sgRNA表达元件。

在质粒消除系统上，我也做了一点改进，我在Plasmid#2上使用低拷贝温敏型复制子pSC101，每一轮编辑之后，只要将阳性克隆放在37℃中培养就可以很快除去这个质粒，再引入新的Plasmid#2进来，进行新一轮编辑；我在Plasmid#1上放了一个sacB基因，含有这个基因的细胞对蔗糖敏感，所以每次最后一轮编辑完成之后，只要将阳性克隆在无抗条件下培养一段时间，再将菌液稀释涂布在含有蔗糖的平板上，长出来的菌落就已经丢失了Plasmid#1。