遗传标记

遗传学中曾将可识别的等位基因称为遗传标记（genetic marker） 。现代遗传学将可示踪染色体、染色体片段、基因等传递轨迹的遗传特性也称为遗传标记。

1. 形态标记： 是指那些能够明确显示遗传多态的外观性状，如株高、粒色等的相对差异

2. 细胞学标记：是指能够明确显示遗传多态的细胞学特征。如染色体结构上和数量上的遗传多态性等。

3. 生化标记： 主要是指蛋白质标记，特别是同工酶标记。非酶蛋白质和酶蛋白质在非酶蛋白质中，用得较多的是种子贮藏蛋白；酶蛋白质主要是同功酶。

4. DNA 标记：也称DNA多态性标记、 DNA分子标记，是 DNA水平上遗传多态性的直接反映。

   • 分子标记特点

   类型

   1. 基于DNA-DNA杂交的DNA标记

      该标记技术是利用限制性内切酶酶解及凝胶电泳分离不同生物体的DNA分子，然后用经标记的特异DNA探针与之进行杂交，通过放射性自显影或非同位素显色技术来揭示DNA的多态性。

      • RFLP （restriction fragment length polymorphism）

   2. 基于PCR的DNA标记

      根据所用引物的特点，这类DNA标记可分为随机引物PCR标记和特异引物PCR标记

      • RAPD （random amplified polymorphic DNA）
      • SSR （simple sequence repeats）
      • VNTRs （variable number of tandem repeats）
      • STS（ sequence－tagged site）
      • InDel (insertion-deletion）标记

   3. 基于PCR与限制性酶切技术结合的DNA标记

      这类DNA标记可分为两种类型，一种是通过对限制性酶切片段的选择性扩增来显示限制性片段长度的多态性

      • AFLP（ Amplified fragment length polymorphism ）

      另一种是通过对PCR扩增片段的限制性酶切来揭示被扩增区段的多态性

      • CAPS （Cleaved Amplified Polymorphism Sequences )

   4. 基于单核苷酸多态性的DNA标记

      一般是由DNA序列中因单个碱基的变异而引起的遗传多态性,

      • SNP （single nucleotide polymorphism）

遗传图谱（Genetic map）

• 经典的遗传学图谱
• 现 代 遗传学图谱

人类基因组遗传图谱的构建

• 经典遗传图谱的构建
• 现代遗传学图谱的构建

植物基因组遗传图谱的构建

植物基因组遗传图谱的构建主要包括以下几个步骤：

• （1）遗传标记的选择
• （2）亲本的选配
• （3）分离群体类型的选择与作图群体的构建
• （4）群体大小的确定
• （5）连锁图谱制作的统计学方法
• （6）DNA标记分离数据的处理与构建标记的遗传图谱

物理图谱

<aside> ⭕ 物理图谱（physical map）：目标DNA分子在染色体上的真实位置，用碱基对计算分子标记之间的距离。

• 作图方法：限制酶作图、克隆作图、荧光标记原位杂交、序列标签位点（sequence tagged site, STS）作图 </aside>

物理图谱的构建

• 在现代分子标记图谱中，遗传图和物理图所表示的基因（和分子标记位点）在序列上基本相同，但在距离上是不相同的。这是由于遗传图确定的是基因或DNA 标记在染色体上的相对位置与遗传距离。物理图是指以物理距离来表示其在DNA 分子上的位置而构成的位置图。
  • “位点”的概念
• [ ] 类型
  • 细胞遗传学图谱
  • 限制酶酶切图谱
  • 叠连群图谱
  • 全基因组序列图谱

基因组图谱的应用

• 寻找新的基因：从基因组序列中进行基因搜寻、分析与基因相关的序列，这是解读整个基因组图谱的基础。
• 基因的克隆与分离：根据饱和的基因组图谱，可以对基因进行克隆和分离。
• 基因功能的预测：利用基因组图谱还能够对基因功能进行预测，观察基因组作为一个整体如何行使其功能。基因功能的预测可以通过计算机预测和实验确定两种途径进行。
• 利用基因组图谱数据进行比较基因组学研究：通过基因组比较作图可以揭示染色体或染色体片段上同线性或共线性的存在，从而对不同物种的基因组结构及基因组进化历程进行精细分析。
• 基因定位：借助基因组图谱，可使基因定位在精度、深度、广度等方面有极大的提高。