<aside> 🍁 背景

• 转录因子（Transcription Factor, TF)
• 人类基因组中可编码2000+个TFs- - - 人有3万+基因，∴一个转录因子调控多个基因（序列具有可变性）
• 转录因子结合位点（Transcription Factor Binding Site,TFBS) - - - DNA序列，通常5-20 bp；同一个转录因子在不同的基因上的结合位点具有一定的保守性，但不完全相同
• 转录因子结合模体（Traseription Factor Binding Notit. TFBM) - - - 汇总了一个转录因子所有的结合位点
• Motif可以用多种方法、模型去表示。
  • Motif </aside>

用途：可以反应出转录因子对DNA序列的偏好性、保守性

序列基序在基因调控分析中越来越重要。Motif并不局限于基因组DNA序列还是RNA序列，甚至蛋白质序列也可以提取出相应的motif.通过序列信息的解析，我们可以解析生物学过程中的密码。当某一个大类的序列中，大量重复出现相同的序列结构的时候，就可能存在探索它意义的价值。基于motif序列的提取，我们可以预测潜在的结合位点等等，有助于我们进一步理解各生物学过程中涉及的生物学意义。比如转录因子的结合位点,其motif往往意味着某蛋白结构域与DNA碱基序列的相互作用。

logo展示图

通常用 位置权重矩阵 表示

• 横坐标：碱基组成
• 纵坐标：bits，高度代表该位置的相应碱基的出现概率

这样的logo经常用于描述序列特征，如DNA中的蛋白质结合位点等。motif logo由每个位置的一堆字母组成。字母的相对大小表示它们在序列中的频率。

• 字母高矮：代表它出现的概率
• r1, r2, r3：用三个对照区域做对照，看一下 occurrence

一致性序列

一致性序列：用一段序列来描述所有序列的碱基组成。当一个位置涉及到多个碱基出现的时候，涉及简并碱基的使用。【简并性：用ATCG之外的字母去代表其他碱基】