这里说的转基因，并非广义上的所有的基因修饰，而是特指外源基因随机地整合到小鼠染色体上获得的随机插入转基因小鼠。
通过受精卵显微注射的方式，通常我们会获得很多个带有外源基因插入的首建鼠（Founder）。每一个首建鼠，外源基因插入的位置或次数都是不同的。所以每个首建鼠都应该自成一系，也就是我们说的建系。
每一个 Founder 鼠分别与野生型（WT）小鼠（比如，常用的C57BL/6J）交配，获得的 F1子代；经过鼠尾基因型鉴定后，F1代中的阳性小鼠保留并再与野生型小鼠交配，获得 F2子代；F2代阳性小鼠保留再与野生型小鼠交配，获得 F3子代；以此类推。一个 Founder 鼠产生的子代，称为一个系。一般以 Founder 鼠的编号命名，比如：3号 Founder 获得的后代阳性小鼠，称为 3系。
F1代中可能出现一窝小鼠没有一只是阳性的情况。这是由于外源基因的整合可能发生在多细胞期，导致 Founder 小鼠中并不是所有细胞（包括生殖细胞）都有外源基因的整合，而是呈嵌合状态。先别急着扔掉这个 Founder 鼠，因为它仍然有可能是个阳性的 Founder，可以再试着多配几窝。
转基因阳性小鼠 X 野生型小鼠
TG X WT
交配4-5代，得到稳定表达外源基因的小鼠才能用来实验