| 组织/细胞类型 | 不推荐制备成单细胞悬液原因 |
|---|---|
| 心脏、肌肉、脂肪、巨核细胞 | 细胞直径大于捕获芯片通路直径，无法上机 |
| 肝脏 | 肝实质细胞太脆弱，处理过程中大部分肝实质细胞会破裂，导致分析结果肝实质细胞占比过低（不能反映组织本身细胞占比情况） |
| 脑/神经 | 神经细胞比较敏感,消化过程应激基因表达改变较大;成熟神经细胞有髓鞘结构，消化后导致悬液背景多; |
| 肾脏、甲状腺、胰腺 | 由于组织结构（例如内源性酶丰富）等特征，悬液制备结果不理想 |
| 无法获取新鲜组织 | 例如耐药相关研究中，取样后无法立即确定样本是否入组，需要观察病人耐药情况再确定 |
| 单细胞悬液 | 单细胞核悬液 | |
|---|---|---|
| 样本中细胞直径<40 um | 对样本细胞直径无限制 | |
| 新鲜组织离体后需要立即消化成单细胞悬液 | 样本离体后液氮速冻，可在-80℃保存 | |
| 消化酶处理样本，细胞内部可能发生应激变化 | 样本已速冻，抽核处理过程应激变化小 | |
| 样本中红细胞需要在制备过程去除，即裂红 | 红细胞无核，组织抽核无需裂红操作 | |
| 检测整个细胞的基因表达信息 | 检测细胞核内基因表达，测定基因中位数略低 | |
| 高质量标准 | 组织中各种细胞类型都被解离在悬液中；细胞中的mRNA未降解；基因的表达不受解离的影响等 | |
| 质检 | 活性 | 显微镜下观察核膜的状态（核膜透亮且完整） |
计数仪上统计浓度和活性（核聚集<10%；背景干净；核膜完整度>80%；台盼蓝染色浅则状态不好) |
细胞核的获得比细胞悬液的获得简单
单细胞悬液制备过程往往是造成实验可变性的主要因素。如何获得足质足量的单细胞悬液？这是实验面临的第一个难题，特别是那些稀有细胞或难以解离的细胞；细胞核膜相比细胞膜更为坚固，因此，冻存组织细胞膜破裂后细胞核则能够保持完整，由于仅涉及机械破碎和简单的纯化，snRNA-seq操作步骤相对简化，便于开展实验，其稳定性相比scRNA-seq大大提高。
适用的样本类型扩大，可用于冻存组织
单细胞核测序snRNA-seq由于是抽提细胞核进行测序，所以可以应用于冻存的样本，极大的利用了那些生理病理数据清晰的冻存样本；对于那些新鲜样本解离成功率低的样本；或者是样本的收集难度大，收集周期长，比如一个样本不同阶段的评估，或者根据治疗结果决定前端样本是否入组等情况；亦或是细胞体积大，形状不规则的样本都可以用snRNA-seq来解决。
降低人为引入的转录偏差，避免解离引起的转录变化
因为组织可以直接从冻存状态开始抽核，此状态下细胞转录活动已经被抑制并固定，因此不会再发生转录状态改变，结果真实性提高。
能够鉴定到的细胞类型更为全面和完整，避免解离偏差
直接对细胞进行机械法或者化学法破碎，不会引入解离偏好性，理论上来讲所有细胞类型都能得到回收，能够获得更加完整和全面的细胞图谱。
丢失了细胞质中的转录本信息
snRNA-seq会有检测到的基因偏少的风险
虽然有一些比较单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞核（snRNA-seq）测序的研究表明，转录本在整个细胞和细胞核中的表达程度相当；理论上来讲，缺失了细胞质中的RNA分子，snRNA-seq在鉴定细胞转录状态中可能不如scRNA-seq，同时由于细胞核中带有polyA尾的成熟mRNA比例更低，因此对于某些样本而言，采用snRNA-seq每个细胞核中检测到的基因可能会有偏少的风险，不利于细胞亚型的鉴定。
snRNA-seq对免疫细胞类型的获得不友好
虽然snRNA-seq能够获得更加全面完整的细胞类型，但是对于某些细胞类型的获得比例不如scRNA-seq，主要表现为免疫细胞。
Slyper, M., Porter, C.B.M., Ashenberg, O. et al. A single-cell and single-nucleus RNA-Seq toolbox for fresh and frozen human tumors. Nat Med 26, 792–802 (2020). https://doi.org/10.1038/s41591-020-0844-1
以上这篇文章对8个肿瘤类型，同时进行scRNA-seq和snRNA-seq，结果发现：scRNA-seq数据中神经嵴、神经内分泌细胞大幅度减少、实质细胞大幅度减少；snRNA-seq数据中T细胞大幅度减少、B细胞和NK细胞消失、内皮细胞、上皮细胞增加。
https://zhuanlan.zhihu.com/p/394585391
这里主要讲一下核mRNA和细胞mRNA的区别：在细胞和里面主要有大量的pre-mRNA，这部分有内含子信息。一般的数据经验是PBMC内含子比对上的约为20%，核转录组45%。