在染色质免疫沉淀的最后步骤中，如果不纯化DNA而是纯化RNA, 逆转录后分析沉淀下来的RNA片段，则可以考察与特定转录因子或组蛋白结合的RNA分子，这种方法适于研究染色质中存在的功能性RNA分子。如果考察整个细胞内与特定RNA结合蛋白(RBP)结合的RNA分子，一般用紫外交联免疫沉淀技术(ultraviolet crosslinking and immunoprecipitation, CLIP)。

CLIP的基本原理是：用254nm紫外线照射使细胞中RNA分子与RNA结合蛋白发生共价结合，以RNA 结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后，回收其中的RNA片段，经过逆转录后对RNA 分子进行测序，进而发现RNA分子与RBP分子之间的相互作用关系。应用带有限制性酶切位点和识别序列(barcode)的引物进行逆转录，可以识别出在交联碱基处被截断的cDNA的单核苷酸序列，从而使CLIP的分辨率达到单个碱基水平，即iCLIP (individual nucleotide resolution CLIP)。

CLIP能够在全基因组水平揭示RNA与RNA结合蛋白相互作用，是研究RNA与蛋白相互作用的有力工具。但在实际应用中存在一些不足，如交联效率低、难以区分结合与非结合RNA序列、254nm紫外线照射可诱发细胞DNA损伤并合成新的RBP等。CLIP重要的改良技术之一，光活化核糖核苷增强的交联免疫沉淀技术(photoactivatable ribonucleoside enhanced crosslinking and immunoprecipitation, PAR-CLIP) 可克服以上不足，并能够比较准确地确定RNA分子中与RBP结合的序列。CLIP 通常与高通证测序技术联合应用，称为HITS-CLIP (high-throughput sequencing CLIP) 或CLIP-seq。其测序结果经过生物信息学分析，可深入揭示全基因组水平RNA结合蛋白与RNA分子的调控作用及其生物学意义，极大地促进了细胞基因表达凋控的研究。