• 二级结构：形成6个茎环结构，使两个并列的功能区靠近。功能区5和功能区6被两个碱基隔开。功能区6含有1个不配对A残基，其上带有2－OH,发动第一次转酯反应

II型内含子的剪接

• 结构特点：内含子转录后可以形成6个发夹环；
• GU-AG规则；
  • 边界序列为5’↓GUGCG- - -YnAG↓，符合GT—AG法则
• 不需snRNA参与，不形成剪接体；
• 形成一个套索的中间体；
• 主要存在的细胞器：在酵母mtRNA,细胞色素氧化酶的a亚基、b亚基，玉米mtRNA、tRNA以及真核mRNA前体中。
• 基因：前体mRNA

• Ⅱ类内含子的剪接和Ⅰ类内含子不同，而和核mRNA内含子的剪切有些相似。

  与核基因mRNA的剪接过程相比，Ⅱ类内含子的最大特定是不需要其他成分的参与，RNA分子本身能形成剪接所需的空间结构和催化活性区域。在核基因mRNA的剪接过程中，需要多种成分特别是snRNA与RNA前体共同作用才能形成剪接所需的空间结构，产生具催化功能的区域。