Ⅰ类内含子常分布于低等真核生物的细胞器中，如：四膜虫的rRNA；大部分真菌如酵母的mtDNA；植物叶绿体基因的内含子；

• 结构特点：

  内含子转录后可以形成9个由碱基配对形成的特定二级结构, 分别命名为P1至P9, P1和P7是保守的；

  P4由P和Q序列形成，长10nt，配对碱基6－7对。P7由R 和S序列构成，长12nt，5对碱基配对。

  P3,P4,P6和P7是核心结构，是可以执行催化的最小区域。其他的配对区在不同的内含子中是不同的

• 同时具有核酸内切酶和连接酶两种活性

• 需要游离的鸟苷作辅助因子；

• 存在的细胞器：细胞核、线粒体、叶绿体；

• 基因：前体rRNA、mRNA和tRNA。

自剪接（self splicing）反应，通过3次连续的转酯反应完成。只是磷酸酯键的直接转移，没有水解，不需能量。

特点：

由于内含子自身形成特定的二级三级结构，从而产生适于剪接反应的空间构象和活性位点，相当于传统酶的激活位点，即G苷酸结合位点和底物结合位点，后者依赖于IGS的配对来确定。G的参与完成剪接反应。即剪接反应完全由内含子自身完成