在进行基因型鉴定的时候，不仅要对小鼠鼠尾进行基因鉴定，对特异性目标组织也需要进行基因型检测。这时需要设计PCR引物方便区分野生型等位基因、flox等位基因和重组后的KO等位基因。在鼠尾鉴定时，如果发现重组后的KO产物，那么需要考虑该组织特异性Cre小鼠的生殖系表达问题。

PCR鉴定引物位置示意图

（可选择P1,P2引物对，或P3,P4，P1,P4引物对）

之后需要检测重组后靶基因的mRNA和蛋白表达，来验证Cre-lox系统的工作效果。

根据靶基因与lox位点的位置，可以设计qPCR模板或者探针来检测重组后的靶基因转录情况。

进一步可以通过免疫组化检测条件性基因敲除后靶基因蛋白翻译是否缺失或异常。不过这很大程度上依赖于探针或抗体的灵敏度和特异性。