凝胶迁移或电泳迁移率实验（EMSA-electrophoretic mobility shift assay）

• **实验目的：**研究DNA结合蛋白和其相关的DNA结合序列相互作用；可用于DNA定性和定量分析；用于研究RNA结合蛋白和特定的RNA序列的相互作用。
• 实验原理：蛋白-探针（DNA或RNA）复合物在在凝胶电泳过程中迁移较慢 ——— 主要部分：蛋白制备、探针制备、凝胶实验

<aside> 📎 实验步骤

• 探针的标记
• **探针的纯化：**通常为实验简便起见，可以不必纯化标记好的探针。在有些时候，纯化后的探针会改善EMSA的电泳结果。如需纯化，可以按照如 下步骤操作：
• EMSA 胶的配制
• EMSA结合反应
• 电泳分析 </aside>

<aside> 🔻 注意事项

1. 通常将纯化的蛋白和细胞粗提液和32P同位素标记的DNA或RNA探针一同保温，在非变性的聚丙烯凝胶电泳上，分离复合物和非结合的探针。
2. DNA-复合物或RNA-复合物比非结合的探针移动得慢。
3. 同位素标记的探针依研究的结合蛋白的不同，可是双链或者是单链。
4. 当检测如转录调控因子一类的DNA结合蛋白，可用纯化蛋白，部分纯化蛋白，或核细胞抽提液。
5. 在检测RNA结合蛋白时，依据目的RNA结合蛋白的位置，可用纯化或部分纯化的蛋白，也可用核或胞质细胞抽提液。
6. 竞争实验中采用含蛋白结合序列的DNA或RNA片段和寡核苷酸片段（特异），和其它非相关的片段（非特异），来确定DNA或RNA结合蛋白的特异性。在竞争的特异和非特异片段的存在下，依据复合物的特点和强度来确定特异结合。 </aside>