adaptor:接头,为一段已知的短核苷酸序列,用于链接未知的目标测序片段
index或barcode:几个碱基组成的寡核苷酸链,用于在混合测序时,区分不同样本
insert:待测序的目标序列,位于两个adapter之间
[ ] 测序片段示意图
<aside> 🍅 测序片段包括几个部分:universal_adapter-insert-indexed_adapter
</aside>
测序由5'端开始,最开始的几个碱基无法测得,第一个adapter在数据输出时去除,由于测序读长的限制,第二个adapter通常测不到。但是如果插入片段本身较短,测序会测穿,即会得到 insert-部分adapter 这样的read,这里的adapter便是我们常常提到的需要去除的接头部分。
universal adapter:
5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’
indexed adapter:
5’-GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC(barcode)ATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG-3’
仔细看上面这对接头序列,universal adapter的3'末端的T与待测片段新增的A配对,那么剩余序列的反向互补链为GATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGTAGATCTCGGTGGTCGCCGTATCATT
与 indexed adapter 的前面12个碱基一致GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC,即两段接头序列部分互补,形成Y型的结构。
<aside> 🍅 The key to sequencing random fragments of DNA is by the addition of short nucleotide sequences which allow any DNA fragment to:
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