• adaptor：接头，为一段已知的短核苷酸序列，用于链接未知的目标测序片段

• index或barcode：几个碱基组成的寡核苷酸链，用于在混合测序时，区分不同样本

• insert：待测序的目标序列，位于两个adapter之间

• [ ] 测序片段示意图

  

<aside> 🍅 测序片段包括几个部分：universal_adapter-insert-indexed_adapter

</aside>

测序由5'端开始，最开始的几个碱基无法测得，第一个adapter在数据输出时去除，由于测序读长的限制，第二个adapter通常测不到。但是如果插入片段本身较短，测序会测穿，即会得到 insert-部分adapter 这样的read，这里的adapter便是我们常常提到的需要去除的接头部分。

• universal adapter:

  5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’

• indexed adapter:

  5’-GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC(barcode)ATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG-3’

仔细看上面这对接头序列，universal adapter的3'末端的T与待测片段新增的A配对，那么剩余序列的反向互补链为GATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGTAGATCTCGGTGGTCGCCGTATCATT

与 indexed adapter 的前面12个碱基一致GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC，即两段接头序列部分互补，形成Y型的结构。

<aside> 🍅 The key to sequencing random fragments of DNA is by the addition of short nucleotide sequences which allow any DNA fragment to:

1. Bind to a flow cell for next generation sequencing
2. Allow for PCR enrichment of adapter‐ligated DNA fragments only
3. Allow for indexing or “barcoding” of samples so multiple DNA libraries can be mixed together into 1 sequencing lane (known as multiplexing) </aside>

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