有一些蛋白质可以以单体的形式发挥作用，但是大部分的蛋白质都是和伴侣分子或是与其他蛋白质一起发挥作用的。

揭示蛋白质之间的相互作用关系、建立相互作用关系的网络图，已成为蛋白质组学研究中的热点，也是后基因时代的难题所在。研究蛋白质相互作用的方法也就具有更为重要的意义。

• 运用生物信息学的方法由繁入简、实验分析的方法由简入繁

• GST pull down：确定蛋白质之间的互作；用标签捕获结合蛋白
• 免疫共沉淀（co-IP)：富集、纯化、检测兴趣蛋白；用抗体捕获抗原
• 酵母双杂交系统（Y2H)：富集、纯化、检测兴趣蛋白；用抗体捕获抗原和互作蛋白
• 双分子荧光互补技术 (BiFC)
• 等温滴定量热法（ITC)
• 表面等离子体共振技术（SPR)
• 荧光共振能量转移技术（FRET)：实时观察细胞内蛋白质与蛋白质相互作用 (1)
• Octet assay
• 邻位连接技术（PLA)
• NMR &X-射线晶体衍射