光刻和刻蚀技术由薄膜沉积、光刻、刻蚀三个工序组成。复杂的微结构可通过多次重复薄膜沉积-光刻刻蚀这三个工序来完成。
光刻前先要在干净的基片表面覆盖一层薄膜，薄膜的厚度为数埃到几十微米，这一工艺过程称之为薄膜沉积。 薄膜按性能不同可分为器件工作区的外延层，限制区域扩张的掩蔽膜，起保护、钝化和绝缘作用的绝缘介质膜，用作电极弓|线和器件互连的导电金属膜等。膜材料常见有二氧化硅、氮化硅、硼磷硅玻璃、多晶硅、电导金属、光刻抗蚀胶、难熔金属等。制造加工薄膜的主要方法有氧化、化学气相沉积、蒸发、溅射等。
在薄膜表面均匀地覆盖上一层光胶，将掩膜上微流控芯片设计图案通过曝光成像的原理转移到光胶层上的工艺过程称为光刻。
光刻技术一般有以下基本工艺过程构成：
基片的预处理
通过脱脂、拋光、酸洗、水洗的方法使基片表面净化，确保光刻胶与基片表面有良好的粘附。
涂胶
在经过处理的基片表面均匀涂覆一层粘性好、厚度适当的光刻胶。胶膜太薄，易生成针孔，抗蚀能力差；太厚则不易彻底显影，同时会降低分辨率。光刻胶的实际厚度与它的粘度有关，并与甩胶机的旋转速度的平方根成反比。涂胶方法有旋转涂覆法、刷涂法、浸渍法、喷涂法。
前烘
在一定的温度下，使光刻胶液中溶剂挥发，增强光刻胶与基片粘附以及胶膜的耐磨性。前烘的温度和时间由光致抗蚀剂的种类和厚度决定，常采用电热恒温箱、热空气或红外热源。
前烘温度和时间要合适，若温度过高或时间过长会造成显影时留下底膜或感光灵敏度下降，腐蚀时出现小岛;若温度过低或时间过短，会造成显影后针孔增加，或产生浮胶、图形变形等现象。
曝光
将已制备好所需芯片图形的光刻掩膜覆盖在基片上，用紫外线等透过掩膜对光刻胶进行选择性照射。受光照射的光刻胶发生化学反应。
在实际操作中，曝光时间由光刻膜、胶膜厚度、光源强度以及光源与基片间距决定。曝光的方式有化学曝光、接触式和接近式复印曝光、光学投影成像曝光。
显影
用光胶配套显影液通过化学方法除去经曝光的光胶（正光胶）或未经曝光的光胶（负光胶），显影液和显影时间的选择对显影效果的影响很大。选择显影液的原则是，对需要去除的那部分胶膜溶解度大、溶解速度快，对需要保留的那部分溶解度小。显影时间视光致抗蚀剂的种类、胶膜厚度、显影液种类、显影温度和操作方法而异。
坚膜
将显影后的基片进行清洗后在一定温度下烘烤，以彻底除去显影后残留于胶膜中的溶剂或水分，使胶膜与基片紧密粘附，防止胶层脱落，并增强胶膜本身的抗蚀能力。坚膜的温度和时间要合适。
刻蚀是将光胶层上的平面二维图形转移到薄膜上并进而在基片上加工成一定深度微结构的工艺。
根据刻蚀剂状态不同，可将腐蚀工艺分为湿法刻蚀和干法刻蚀两大类。湿法刻蚀是通过化学刻蚀液和被刻蚀物质间的化学反应将被刻蚀物质剥离下来的刻蚀方法。大多数湿法刻蚀是不容易控制的各向同性腐蚀。
其特点是选择比高、均匀性好、对硅片损伤少，几乎适用于所有的金属、玻璃、塑料等材料。缺点是图形保真度不强，横向腐蚀的同时，往往会出现侧向钻蚀，以致刻蚀图形的最少线宽受到限制。
干法刻蚀指利用高能束与表面薄膜反应，形成挥发性物质，或直接轰击薄膜表面使之被腐蚀的工艺。其最大的特点是能实现各向异性刻蚀，即在纵向的刻蚀速率远大于横向刻蚀的速率，从而保证细小图形转移后的保真性。干法刻蚀的作用基础是等离子体。
用光刻的方法加工微流控芯片时，必须首先制造光刻掩模。掩膜的基本功能是基片受到光束照射时，在图形区和非图形区产生不同的光吸收和透过能力。用计算机制图系统将掩模图形转化为数据文件，再通过专用接口电路控制图形发生器中的曝光光源、可变光阑、工作台和镜头，在掩模材料上刻出所需的图形。或用微机通过CAD软件将设计微通道的结构图转化为图像文件后，用高分辨率的打印机将图像打印到透明薄膜上。此透明薄膜可作为光刻用的掩模，基本能满足微流控芯片对掩模的要求。