20世纪80年代后相继建立了能够定量检测RNA和蛋白质分子的Northern、Western印迹分析技术(Blotting)。其基本过程都包括：电泳分离待检测分子，将待检测分子转移到可方便操作的硝酸纤维素膜或PVDF膜上，然后将带有报告基团的探针（或抗体）与膜杂交（或孵育），最后通过同位素或化学发光试剂显示目的分子的条带，通过条带的深浅可判断目的分子的含量和分子量大小。

Northern印迹分析：

是检测组织或细胞中特异性mRNA的方法。它以带有放射性或非放射性物质标记的单链cDNA、RNA片段或寡核苷酸为探针，检测RNA分子，不仅能够定量检测基因表达水平(mRNA)的变化，而且能够提供基因不同转录本的转录长度信息。对小的RNA分子，如长度约20nt的miRNA分子，Northern印迹分析也能有效地检测。在进行检测时，首先从组织或细胞中提取总RNA或mRNA, 在琼脂糖凝胶电泳之前需要对RNA样品进行变性处理，以破坏RNA分子中的局部双螺旋结构，使整个RNA分子呈单链（便于分子杂交）。常用变性剂为甲醛或戊二醛。

Western印迹分析：

检测的是蛋白质分子，它是在蛋白质水平定量检测基因表达改变的主要方法，首先将经细胞裂解而获得的蛋白质样品进行SDS-PAGE分离，然后依次经过印记、抗体孵育和显示蛋白质条带等步骤。Western印迹分析以抗体分子作为检测分子，不仅能够识别细胞中不同种类的蛋白分子，而且能够识别同一种蛋白分子的不同修饰方式，如磷酸化、甲基化、泛素化等，是考察蛋白质含量、大小和活性状态的重要方法。

印迹分析是低通量的检测技术，步骤较繁琐，花费时间长。但印迹分析检测不需昂贵设备，结果准确，少有假象，也常被用于验证生物芯片等高通量研究方法获得的结果。