辅酶是指与脱辅酶结合比较松弛的小分子有机物质，通过透析方法可以除去。如辅酶Ⅰ和辅酶Ⅱ等。

辅基是以共价键和脱辅酶结合，不能通过透析除去，需要经过一定的化学处理才能与蛋白质分开。如丙酮酸氧化酶中的FAD。

两者之间无严格的界限。