作用元件

• 顺式作用元件（cis-regulatory element，CRE），是非编码DNA的区域，其调节邻近基因的转录。CRE是non-coding region，是靶点；

• 反式作用元件（trans-regulatory element，TRE）一般来说是包含基因的DNA序列，编码转录因子（蛋白质或miRNA等可扩散分子），可以直接或间接识别或者结合顺式作用元件核心序列，对基因进行调控。
  • The Human Transcription Factors. *Cell* vol. 172,4 (2018)
  • 什么是转录因子
  • 识别转录因子
  • 确定TF-DNA结合的motif
  • 转录因子的协同性和与核小体的相互作用

<aside> 🍅 转录因子一般具有两种结构域：

• DNA-binding domain（BD）: DNA结合结构域。负责结合基因组调控区的DNA序列。
• Effector Domain（s）：调控效应区结构域。
  • 调控转录因子活性。
  • 介导蛋白与蛋白互作（PPI）。
  • 具有调节组蛋白相关底物的酶学活性。

</aside>

Experimental Methods for Determining and Validating TF-Binding Specificities

转录因子包含DNA binding domain (BD) 和activation domain (AD)，而且不同转录因子的BD和AD是可以互换而不影响转录激活的。你想证明是activation domain，就融合到一个已知转录因子的BD里,常用的就比如Gal4，LexA的BD，然后去检测reporter gene的转录情况。如果有转录发生，则转录因子完整，如果没有检测到转录,则转录因子不完整，缺AD，那么你想证明的蛋白就不是AD.

纵轴：转录因子个数。横轴：转录因子家族类别。

插图展示了 C2H2-ZF结构域的数目分布，以及每类效应物结构域，如：KRAB, SCAN, 或 BTB结构域等等。

“Classic” 经典的意思：非常同源并具有保守序列的SP KLF EGFLI GLIS, ZIC, 和 WT蛋白等等。

转录因子家族类别基础注释

• Homeodomain：
• bHLH：
• bZIP：
• Forkhead：
• Nuclear receptor：
• HMG/Sox:
• Ets：
• T-box：
• AT Hook：
• Homeodomain+POU：
• Myb/SANT: