经离心沉淀分离纯化的核酸(DNA和RNA)分子，通过凝胶电泳可直接判定核酸的纯度、完整性及片段大小。

核酸电泳常用的支持体为琼脂糖(agarose)与丙烯酰胺(acrylamide)。与蛋白质电泳相比，核酸电泳更简单。因为核酸分子中的每个单核苷酸都带有一个负电荷，在碱性条件下向阳极移动，故可以按照其构成碱基数的多少被有效地分离。

琼脂糖凝胶电泳操作简单，电泳速度快，样品不需事先处理就可直接进行电泳，结果观察方便。但琼脂糖凝胶电泳分辨率相对较低，不适合分离100碱基以下的核酸分子。可根据待测核酸分子的大小调节琼脂糖浓度。丙烯酰胺凝胶电泳分辨率高，一般多用于500碱基以下的DNA分子片段的分离与测序，可以将两条仅相差一个碱基的DNA片段分开。

建立在琼脂糖凝胶电泳基础之上的印记杂交技术，如Southrn印迹杂交(Southern blot)和Northern印迹杂交(Northern blot)技术，是分子细胞生物学研究的常用方法。