首先是把长片段的基因组DNA，也就是40KB以上的长片段的基因组DNA，打断成10KB左右的DNA片段。

这个打断的过程，是用Covaris公司出品的g-TUBE方法来打断的。g-TUBE可以把长的基因组DNA，打断成5KB-20KB长度的片段。

打断了的DNA片段，末端大多数不是平齐的。接下来，就要用酶把这个末端给补平。

补平的过程，是用T4 DNA聚合酶、和Klenow聚合酶，两者的混合酶来进行补平。然后，再用T4 DNA寡核苷酸激酶，在5'端统一地加上磷酸基团。

补平之后，再用去掉了3'端外切酶活性的Klenow大片段聚合酶来进行处理。

这样，可以在每个片段的两个3'端，都各加上一个A碱基。加好了A碱基之后再用连接酶，在DNA片段的两端连上第一步的PCR接头。

连好接头的DNA片段，走琼脂糖凝胶，切胶回收10KB左右的DNA片段。

回收下来的DNA片段，用qPCR进行精确定量。