真核生物的细胞核中含有3种RNA聚合酶，RNA Pol I 和Pol III 主要合成核糖体RNA和tRNA，RNA Pol II 合成编码RNA（mRNA）和非编码RNA（ncRNA），ncRNA包含小核/小核仁RNA（small nuclear/nucleolar RNA，sn/snoRNA），小RNA （microRNA， miRNA），以及广义的长链非编码RNA（lncRNA）。我们最关心的就是Pol II 的转录产物。

转录开始后，生成的不同RNA产物往往有不同的命运，编码RNA大部分被输送到细胞之中，相反，许多ncRNAs留在核中最终被降解。新生的RNA会发生加5’端帽、内含子去除以及3’端形成等过程，在这个过程中，RNA始终受到核酸外切酶的威胁，最终成功输出到胞质中被降解，RNA命运决定的机制就存在于整个加工过程中。

5’端m7G帽的加入是RNA命运决定的第一步。其一，m7G帽可以防止新生RNA被5’-3’核酸外切酶降解；其二，m7G帽会招募可以跟它结合的CBC，并通过CBC结合其它下游蛋白，通过结合相应的因子，使pre-mRNA和snRNA/snoRNA分配至各自相应的出核定位通路（productive方向）；也可以通过结合另一些因子，使PROMOPTs、eRNA、部分sn/snoRNA、lncRNA等留在核内并最终降解（destructive方向）。（图1）

图1 RNA的命运（左） 图2 5’与3’端的保护机制（右）

剪切过程也对RNA有影响，剪接通常发生在Pol-II转录的延长期，在此过程中剪接体直接与许多输出因子相互作用，促进了出核的过程。RNA加工的最后一步是3’末端的形成和pol II 转录的终止。RNA3’末端加工影响核糖核蛋白（RNP）复合物的形成，从而影响转录物的命运。

所有的RNA加工途径都不断受到5’和3’核酸外切酶的威胁，末端修饰（如5’端修饰及3’端特殊结构形成）或者与RNA结合蛋白（RBPs）结合可以保护转录产物免受核酸外切酶影响，从而促进其在核内的稳定性。没有保护的RNA片段，例如剪切下来的内含子等，即可被外切酶降解从而保证RNA加工过程的质量控制。（图2）

除此之外，为了在细胞核中继续存活，一些RNA被隔离成为RNP聚集体，称为nuclear speckles和paraspeckles， 以逃脱降解的命运。还有一些RNA，通过自身的某些区域与染色质相结合来逃避降解。（图3）

图3 RNA通过隔离在亚核区域或与染色质相结合逃避降解

近年来，研究工作已经开始揭示RNA的核分类机制，以及哪些成分有助于区分RNA是随后出核到胞质中还是靶向降解。所有Pol-II转录本都可以作为降解的靶点，但是高效的加工、快速的输出和/或保护性的元素可能有助于转录本免于降解。事实上，降解可以被认为是RNA的默认状态，这是一场逃避这种命运的艰苦斗争。虽然看上去是一种浪费，但从长远来看，从进化的时间衡量，它确保了只有高质量的RNA能够生存下来，从而保持了转录组的稳定和可操作性

[1] Garland W, Jensen TH. Nuclear sorting of RNA. Wiley interdiscip rev RNA. 2020 mar; 11(2): e1572.

[2] Schmid M, Jensen TH. Controlling nuclear RNA levels.Nat Rev Genet . 2018 Aug; 19(8): 518-529