为二级和三级结构之间的过渡构象层次。
在蛋白质分子中，特别是球状蛋白质中，由若干相邻的二级结构单元（即α-螺旋、β-折叠片和β-转角等）彼此相互作用组合在一起，形成有规则、在空间上能辨认的二级结构组合体，充当三级结构的构件单元，称超二级结构（模体）。
超二级结构有3种基本组合形式：αα、βαβ、ββ
■在多数情况下， 只有非极性残基侧链参与构成超二级结构的相互作用，而极性残基多在分子的外表面。
➢在超螺旋中一股a螺旋链的非极性边缘与另一股a螺旋链的非极性边缘彼此啮合形成疏水核心;
➢a螺旋极性边缘位于超螺旋外侧，与溶剂水相互作用（水溶性），稳定超螺旋结构。
反式作用因子（转录因子）：能直接或间接地识别或结合在各类顺式作用元件核心序列上参与调控靶基因转录效率的蛋白质- - -是转录模板上游基因编码的一类蛋白调节因子，包括激活因子和阻遏因子等，它们与顺式作用元件中的上游激活序列特异性结合，对真核生物基因的转录分别起促进和阻遏作用。
常出现与真核生物DNA结合域的C端α-螺旋上，参与癌基因的调控
当来自同一个或不同多肽链的两个两用性的α-螺旋的疏水面（常常含有亮氨酸残基）相互作用形成一个圈对圈的二聚体结构时就形成了亮氨酸拉链。
在二级结构及超二级结构的基础上，多肽链进一步卷曲 折叠，组装成几个相对独立、近似球形的三维实体（相对独立的结构单位，折叠单位，功能单位），作为三级结构的局部折叠区，协同作用体现蛋白质的总体功能
超二级结构->结构域->三级结构
分类;
全a类：α螺旋占优势
全B类：β片占优势
a/β类：a,B紧密连接
a+B类：α螺旋，β片大部分分开聚散
对于较小的蛋白质分子或亚基来说，结构域和三级结构 往往是--个意思，就是说这此蛋白质是单结构域的。
超二级结构 Supersecondary structure，简单来说就是α螺旋与β折叠通过氢键组合在一起形成一个稳定的二级结构串，motif结构模体也被用来形容这些特殊的组合，比如greek key, Beta hairpin什么的。
结构域domain，被定义为可以自主折叠的蛋白质结构的稳定单位，是组成三级结构的基本单位。