（一）菌种：
产生柠檬酸的菌种很多，以霉菌为主，又以黑曲霉产生柠檬酸的能力较强，并能利用多种碳源，故常是生产上使用的菌种。
（二）柠檬酸发酵用原料
柠檬酸发酵的原料有三大类：糖质原料（甘蔗废糖蜜、甜菜废糖蜜)、淀粉质原料（主要是番薯、马铃薯、木薯等)、正烷烃类原料。
（三）蔗糖浓度对发酵的影响
蔗糖浓度15%~18%，蔗糖同化率97% 蔗糖浓度20%，只同化92% 蔗糖浓度低于10%，产柠檬酸少，积累草酸 蔗糖浓度低于2.5%，不产柠檬酸
（四）柠檬酸发酵工艺
（五）固定化黑曲霉发酵玉米生产柠檬酸
最适温度是35℃，玉米糖液浓度10Bx。
柠檬酸产量可达到96g/L，一般稳定在89g/L。
可连续使用24d(约8批次)。
黑曲霉细胞固定后柠檬酸产量逐步提高，并超过游离细胞。
游离细胞连续使用2批次后，柠檬酸产量迅速下降； 固定化黑曲霉使用8批次后，柠檬酸产量仍可达到89g/L。