组织细胞中基因的表达不仅存在量的差异，而且还存在表达时间和空间的变化。核酸原位杂交技术(in situ hybridization, ISH)是在RNA水平检测这些变化的基本方法。

原位杂交以短的单链cDNA、RNA片段或寡核苷酸为探针，将探针与经过固定并提高了通透性的细胞、组织切片或胚胎进行杂交，以荧光分子或显色酶为报告基团，显示特定RNA(mRNA)分子在组织或细胞内分布，通过荧光信号或显色的强弱可以判断含量的变化。

原位杂交没有组织和细胞的裂解步骤，并通过固定的方法将RNA分子保持在组织和细胞内的原位，因此展示细胞和组织内特定基因表达的时间和空间变化。