生物学特征
肛后尾（水生- -运功；陆生- -平衡）
闭管式循环系统（尾索动物除外）；
心脏位于消化道腹面（保护、利于静脉回流）
胚胎期原肠胚的发育类型为原口；
分节的肌节，附着在不分节的躯干上
脊索 - -所有脊索动物的胚胎期均具有，终生保留，或退化并被脊柱代替
背神经管- - 位于脊索背面中空管状的中枢神经系统。脊椎动物神经管前端膨大成脑，脑后部分形成脊髓。
鳃裂- - 咽部两侧一系列成对的裂缝，直接或间接与外界相通。低等脊索动物及鱼类的鳃裂终生存在，其他脊椎动物仅在胚胎期有鳃裂。
分类概述
1.原索动物：没有脊椎的脊索动物，无真正的头和脑，又称无头类
- 尾索动物亚门- - 幼体具上述3大特征，但脊索在尾部。变态后脊索消失，背神经管退化成神经节，鳃裂仍存在。成体具被囊，大多营固着生活。（海鞘）
- 头索动物亚门- - 3大特征终生存在的无头鱼形脊索动物。脊索纵贯全身，并向前延伸至背神经管前端（文昌鱼）。
- **脊椎动物- - -**脊索或多或少被脊柱所代替，脑和感觉器官集中于前端，形成明显头部，称为有头类
脊椎动物亚门
- 圆口纲：无颌，又称无颌类；身体呈鳗形，裸露无鳞；无成对附肢。脊索终生存在，并出现雏形脊椎骨。
- 软骨鱼纲：出现上下颌，体被盾鳞，出现成对的鳍，鳃裂直接开口于体外。
- 硬骨鱼纲：骨骼一般为硬骨，体被硬鳞、圆鳞或栉鳞，鳃裂不直接开口于体表。
- 两栖纲：由水上陆的过渡种类，幼体鱼形，以鳃呼吸，成体出现5指（趾）型四肢，皮肤裸露，表皮伏旱粘液腺和毒腺等多细胞腺体，以肺和皮肤呼吸。脊椎分为- - 颈椎、躯椎、荐椎、尾椎；与其他更高等脊椎动物共称为四足类。
- 爬行纲：完全陆生。皮肤干燥，被以角质鳞、角质骨片或骨板，有蜕皮现象。肺呼吸。胚胎发育中出现羊膜，与鸟类、哺乳类共称为羊膜类。其他各纲脊椎动物称为无羊膜动物
- 鸟纲：全身被羽，前肢变为翼，适应空中飞翔生活。血液循环为完全双循环，恒温，卵生。与哺乳类共称为恒温动物。其他脊椎动物均为变温动物。
- 哺乳纲：体外被毛，恒温，胎生（单孔类除外），哺乳（具乳腺）。
脊索动物与无脊椎动物的区别与联系
脊索动物除上述特征外，其一些结构也见于一些无脊椎动物中，如后口、三胚层、两侧对称、真体腔、分节现象、闭管式血液循环等。两者的结构比较见
- 脊索：脊索动物具有纵贯背部的脊索，后被脊柱所代替；无脊椎动物无脊索或脊柱。
- 中枢神经：脊索动物中空的神经中枢位于背部；无脊椎动物中枢神经呈索状位于身体腹面。
- 鳃裂：脊索动物生活史的全部或部分时期具有鳃裂；无脊椎动物不具鳃裂。
- 心脏位置：脊索动物心脏位于消化道腹面；无脊椎动物心脏位于消化道背面。
- 生物化学方面：脊索动物参与肌肉收缩能量代谢的非蛋白质含氮浸出物是磷酸肌酸；无脊椎动物的是磷酸精氨酸。