超分子是指由两种或两种以上分子依靠分子间相互作用结合在一起，形成复杂的、有组织的聚集体，保持一定的完整性（是由分子间的力可逆地保持的，而不是由共价键来保持的），使它具有明确的微观结构和宏观特性。
超分子作用： 由分子间作用力结合成的复杂的、有组织的缔合体
例如：DNA双螺旋间的氢键、水分子中的氢键
弱相互作用力
分子识别(molecular recognition)和分子自组装（molecular self-assembly)
主客化合物（host-guest)，空间作用，静电作用
碱基配对, 氢键作用，结构作用
蛋白质的α螺旋，氢键作用，堆叠相互作用
表面活性剂的亲-疏作用
杯芳烃（calixarene）
是指由亚甲基桥连苯酚单元所构成的大环化合物。绝大多数的杯芳烃熔点较高，在250℃以上。在常用的有机溶剂中的溶解度很小，几乎不溶于水。杯芳烃具有大小可调节的“空腔”，能够形成主-客复合物，与环糊精、冠醚相比，是一类更具广泛适应性的模拟酶，被称为继冠醚和环糊精之后的第三代主体化合物。
葫芦脲（Cucurbituril）
具有两端开口的空腔,其端口尺寸相同，空腔直径大于端口直径空腔是疏水的，可以包结有机分子。在两端口各有与单元结构数目相同的 n 个氧原子，易于捕集到客体或与客体发生强的相互作用，同时笼壁上有数目为 4 倍于单元结构数的氮原子。因此 ,葫芦脲不仅能容纳尺度合适的分子或离子，还可通过离子-偶极相互作用和与羰基的氢键作用来键合金属离子或有机分子的带电部分。
环糊精(Cyclodextrin，简称CD)
是直链淀粉在由芽孢杆菌产生的环糊精葡萄糖基转移酶作用下生成的一系列环状低聚糖的总称。通常含有6~12个D-吡喃葡萄糖单元。其中研究得较多、并且具有重要实际意义的是含有6、7、8个葡萄糖单元的分子，分别称为alpha -、beta -和gama -环糊精。根据X-线晶体衍射、红外光谱和核磁共振波谱分析的结果，确定构成环糊精分子的每个D(+)- 吡喃葡萄糖都是椅式构象。各葡萄糖单元均以1，4-糖苷键结合成环。由于连接葡萄糖单元的糖苷键不能自由旋转，环糊精不是圆筒状分子而是略呈锥形的圆环。